Er worden gewoonlijk twee soorten antilichamen gevonden in hypothyreoïdie patiënten. Allebei vallen ze de eiwitten aan die het grootste deel van de werking van de schildklier bepalen.

1. TPOAb of McAb (thyreoide peroxidase antilichamen, ook bekend als microsomal antilichamen. TPOAb is de meest voorkomende oorzaak van hypothyreoïdie.
2. TgAb (anti-thyroglobuline antilichamen). De synthese van schildklierhormoon gebeurt in het thyroglobuline-molecuul. Deze antilichamen werken tegen dit molecuul. De aanwezigheid van TgAb wordt geassocieerd met hypothyreoïdie.